漫画版では存在はするものの配備はされておらず、まともに登場するのはTV版以降である。基本的には予備機として保管され、データ収集用などに使われるが、有事には1号機のデータを使って動かされる事が多い。

TV版で劇中で電子戦対策が必要になったため、急きょECM機能やECCM機能等を搭載した頭部に換装された状態で投入。1号機と同様の頭部をベースに、メインとサブのセンサーを統合した一つ目のカメラと巨大化したアンテナが特徴であった。この頭部はプレイステーション版ゲームの第1話で大破。新しい頭部に換装され、後の劇場版2もその頭部で登場する。新型の頭部は1号機の意匠を受け継いだデザインだが、ECM用のセンサーが各部に取り付けられており、使用時には頭部からセンサーが突き出てくる形状から「メデューサ」と呼ばれる。

対ファントム戦時の遊馬、後期OVAの対グリフォン戦での香貫花、PS版での主人公（プレイヤー）操作機、更に劇場版2では第一小隊隊長の南雲しのぶが搭乗するなど、使用したパイロットが一番多い機体である。

なお、電子戦機能を強化した結果、機体単価が1号機や2号機より高額になり、おいそれとは使えない機体になってしまう（専任パイロットがPS版主人公の赴任まで居なかった事もあるが）。また、パイロットが頻繁に入れ替わったのでECMの活用以外の戦闘スタイルが定まらなかったが、PS版ではプロレス技をメインに使用している。