マジンガーZやグレートマジンガーを上回る性能を持つマジンガー。

別名「魔神皇帝」。マジンガーZが「神にも悪魔にもなれる」と謳われるのに対し、マジンカイザーは「神をも越え悪魔も倒せる」と称される。

ちなみにカイザーはドイツ語で「皇帝」を指し、これに日本語の「魔神」を掛け合わせて「魔神皇帝」になる。

『F完結編』での初出時とOVA版以降では手足のカラーリングや武装などデザインが微妙に異なり、詳細な設定に至っては作品ごとに別物。マジンガーの持つ可能性の光を体現した存在と言える。初出時のデザインは『X』においてオリジナル版との名称がついた。

機体に秘められた光子力による攻撃力・超合金ニューZα製の装甲の防御力は数多いスーパーロボットの中でも最高ランクに位置する。誕生経緯もあってか、真ゲッターロボと共演する場合は多くの場合で対等な存在とされる。また、後述のように『V』からは同等の力を持ちカウンターともなる兄弟機も登場している。

マジンカイザーがカイザースクランダーを装着した形態。OVA版以降に存在する形態であり、オリジナル版は当初から翼が収納式である。

地上・宇宙ルートのどちらでも強化型マジンガーZと二択である。ただしフルCGの発進ムービーは地上ルート限定。

その性能は非常に高く、機体性能はHP以外はガンバスターに勝るとも劣らない上、パーツスロット2、ゲッター線を当てられた影響からHP回復(小)まで持っている。武装も強力であり、消費EN0で攻撃力3000のショルダースライサー、同じく無消費で移動後1～3マス攻撃可能かつ命中補正の高いターボスマッシャーパンチ、射程8のマップ兵器であるダイナマイトタックル、サンアタックや超電磁スピンを超える攻撃力ながら消費EN50のファイヤーブラスターと、最強のマジンガーに相応しい高性能ぶりである。強化型マジンガーZとの性能を純粋に比較をするなら大車輪ロケットパンチがないこと以外はマジンカイザーの方が上である。

しかし、これほどまでに強化されながらも、本作では微妙な機体に位置付けられている。マジンガー系パイロットは全員宇宙の地形適応がB以下であり、終盤戦は宇宙が舞台となる本作では、その性能を最大限に発揮できない。ガンバスター・真ゲッター1・グルンガスト・ダンクーガあたりは宇宙Aかつ複数乗りまたは幸運持ちなので、宇宙Bで一人乗りのカイザーは相対的に一歩も二歩も劣ってしまっている。何より、ダメージと敵の機体性能がインフレしている本作では、宇宙Aで2回行動ができ、避けて当てられるニュータイプ勢が圧倒的に強いため、折角用意された後継機でありながら使われない事も多い。強化型マジンガーZと違って改造が引き継がれない欠点もこれを後押ししている。

一応、フル改造ボーナスと強化パーツで装甲を上げ、鉄壁を用いた被弾や激励の使用で気力を上げれば終盤の雑魚相手にも無双するだけの力は持っているので、マジンガーシリーズへの思い入れが有れば十分使える強さではある。もちろん思い入れが無ければただ手間がかかるだけなので、本機の活躍するシーンがαシリーズまでお預けになった人も多い。

なおEVAルートを通ってしまった場合、登場直後にバッドエンドが待っている。αシリーズと違い、わけもわからぬまま人類補完計画に巻き込まれるなど、初陣としては不遇な印象を受ける。